Le plateau transcriptomique

Le plateau d’analyses en transcriptomique constitue l’une des composantes technologiques de l’Institut IFR GEIST et à ce titre il est à disposition de l’ensemble des équipes de l’IFR. Néanmoins sa localisation au sein des locaux occupés par notre Unité, son fonctionnement assuré principalement par des membres de cette Unité ainsi qu’une importante utilisation par cette même Unité ont fait que logiquement elle en assure la gestion. Celle-ci est sous la responsabilité d’un ingénieur (Lionel Forestier) qui coordonne également les demandes d’utilisation émanant d’autres équipes, externes à l’IFR ou non, tant au niveau local qu’au niveau national.

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Deux technologies permettant l’étude de l’expression des gènes à travers leur quantité d’ARN sont utilisées au sein de ce plateau : Tout d’abord le système de puce à ADN qui permet une analyse globale du transcriptome (technique par hybridation) et le système de PCR en temps réel (technique par amplification) qui permet une quantification plus fine des ARNs. Ce dernier système utilisé sous la forme « TLDA » (Taqman Low Density Array® - AppliedBiosystems) permet de faire une quantification simultanée de plusieurs centaines de gènes et constitue donc une analyse ciblée à haut débit du transcriptome. Des orientations locales, axées principalement sur ce type d’analyse plutôt que vers des criblages systématiques, couplées à la robustesse et la grande informativité de la technologie TLDA lui ont fait prendre un place prépondérante et prioritaire au sein du plateau "analyses transcriptomiques". Celui-ci est donc maintenant plutôt utilisé pour l’étude d’ensemble "dédiés de gènes".

Récemment, le plateau transcriptomique a été labellisé par la société Applied biosystems en tant que « Gene Expression Service Provider » pour tout ce qui concerne les assays TaqMan® (Taqman assay-based gene expression) que ce soit en plaques 96 puits ou en système TLDA.

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